L'unité enquête sur le vol d'armes dangereuses, découvrant qu'un adolescent a été recruté par des terroristes pour commettre un attentat. Parallèlement, l'agent spécial Omar Adom Zidan doit faire un choix difficile pour protéger sa communauté en risquant sa vie, tout en gérant une forte pression interne au sein du bureau.

Le FBI enquête sur une fusillade qui a eu lieu dans la boutique d'un prêteur sur gage. Le propriétaire du magasin et un officier de police ont été tués. Grâce au bornage des téléphones portables au moment de l'assaut, les enquêteurs remontent jusqu'à un suspect. Celui-ci a pris une photo de la voiture du criminel. Il s'avère que le véhicule a été volé...

L'unité enquête activement sur le meurtre d'un riche comptable assassiné dans sa banlieue. Les soupçons se portent très vite sur son fils adoptif psychologiquement instable, alors que de sombres secrets financiers éclatent au grand jour. Parallèlement, cette affaire particulièrement délicate fait écho au passé familial douloureux de l'agent Stuart Scola, le laissant profondément bouleversé.

L'unité se lance dans une course contre la montre après une série de fusillades mortelles dans des parcs de New York. L'enquête se complique fortement lorsque l'agent spécial OA cache délibérément des détails cruciaux sur une agression personnelle qu'il a subie récemment, mettant ainsi toute l'équipe en danger face à un tueur implacable qui le prend désormais pour cible directe.

Frank Leone, un riche comptable, est abattu en plein jour après avoir secrètement témoigné contre El Feo, un baron de la drogue. Lorsqu'un second meurtre est commis et afin de faire avancer l'enquête, Tiffany demande de l'aide à son ami Ralphie. Celui-ci est un ancien officier du NYPD et le cousin d'El Feo...

Luke, le fils de 5 ans de Liza Peters, a été enlevé. Au cours de l'agression, sa nourrice a été tuée. L'équipe s'intéresse à la mère du garçonnet et découvre qu'elle faisait auparavant des affaires en Europe de l'Est mais, questionnée à ce sujet, elle refuse d'en dire plus. Malgré son manque de coopération, le FBI découvre que les kidnappeurs sont des terroristes tchétchènes...

A peine de retour de son congé maladie, Maggie aide l'équipe à enquêter sur un double homicide commis dans un parc. Les deux victimes ont des profils très différents : une étudiante en droit sur le point d'intégrer l'académie du FBI et un trafiquant de drogue menacé par un gang parce qu'il empiétait sur son territoire. Les policiers identifient le tueur, Mateo Diaz...

Lors d'un cambriolage sanglant, deux criminels ont mis la main sur une importante quantité de nitrate d'ammonium, suffisamment pour fabriquer une bombe. Le FBI établit qu'un groupe terroriste ultranationaliste est à l'origine de ce forfait. Maggie est justement en train d'infiltrer le groupuscule...

Trevor Logan, un adolescent, se présente au siège du FBI avec un grand sac contenant une importante quantité de fentanyl. Il demande à être protégé des hommes qui ont tiré sur son père. Celui-ci, hospitalisé, a confié le sac à son fils en lui demandant de le cacher. Nina fait une proposition à Scola, qui hésite à accepter...

Chloe Rogers, une livreuse de pizza, est enlevée dans la rue alors qu'elle travaillait de nuit. Grâce à un échantillon d'ADN, l'équipe découvre que la victime s'appelle en fait Annabelle Collier et qu'elle est portée disparue depuis 18 ans. L'enquête amène Isobel à renouer avec son ancien partenaire, Jake Reed, et à tenter de résoudre un de ses premiers dossiers...

Le FBI se mobilise lorsque Kelly Moran, analyste du JOC, est prise en otage dans une banque. L'opération d'infiltration, que l'équipe a mise en place pour tenter de récupérer une bombe acheminée par un intermédiaire véreux, lui permet de découvrir que l'engin est, d'ores et déjà, tombé entre de mauvaises mains...

Une mystérieuse arme biologique provoque le décès de deux employés de la société de transports publics de la ville de New York. L'équipe doit déterminer qui se cache derrière cette attaque et qui sera la prochaine cible. L'auteur de l'attentat, un collègue des deux victimes, est rapidement identifié, mais est assassiné avant d'avoir pu être interrogé...

L'équipe enquête sur le meurtre de Cole Dixon, un indic dont le corps a été retrouvé devant une usine désaffectée. Pour en apprendre plus sur lui, Maggie reprend contact avec Gwen Carter, un ancien collègue qui était également l'agent référent de Dixon. Les investigations mènent le FBI jusqu'à un ex-chimiste...

Une série de vols à main armée amène les membres de l'équipe du FBI à arrêter un suspect, Tom Hoffman. Celui-ci reconnaît les faits, mais prétend qu'il a agi sous la menace de Mason Simonian auquel il doit plusieurs milliers de dollars. Simonian n'est pas un inconnu pour les forces de l'ordre...

Alors qu'il n'est pas en service, John Reagan, un agent spécialisé dans la protection travaillant pour le Service de sécurité diplomatique, tente d'appréhender un homme, mais est abattu sous le regard médusé des passants. L'enquête du FBI est compliquée par l'obstruction systématique du département d'Etat. Ce meurtre pourrait-il avoir un lien avec le passé professionnel de Reagan en Croatie ?...

La fusillade qui a tué Mia Lopez, un officier pénitentiaire fédéral, mène l'équipe jusqu'à Michael Landry, un ex-Marine qui en veut au monde entier depuis son retour d'Afghanistan. La soeur de Tiffany se tourne vers elle pour lui demander conseil lorsque leur petit frère commence à se montrer violent...

Blessée, Chase est transportée en urgence à l'hôpital. Forrester est chargée de veiller sur elle. De son côté, Jubal est rappelé à New York afin d'aider Scola dans son opération d'infiltration. Ce dernier parvient à obtenir un rendez-vous avec son contact, Andrej Chernin. Mais celui-ci se montre soupçonneux lors de leur entretien et le FBI n'a pas d'autre choix que de l'arrêter...

Le colonel John Sittenfeld, commandant en second d'une base aérienne de la garde nationale, est kidnappé, torturé et forcé de donner les codes d'accès au site. Ses agresseurs dérobent ensuite des missiles antichar. L'équipe doit travailler rapidement pour retrouver les suspects et les armes volées...

L'équipe du FBI collabore avec un lieutenant de police et ami de longue date de Jubal pour retrouver des explosifs militaires volés avant un attentat imminent. Cette enquête hautement difficile met la confiance entre les deux hommes à rude épreuve en réveillant de lourds secrets du passé, compliquant la situation sur le terrain.

Le corps de Rafael Morales, un trafiquant de drogue qui travaillait comme agent de sécurité dans un bar, l'Emeralds, est découvert dans un parc. Alors que l'enquête débute, la soeur de Maggie revient à New York. Elle se retrouve mêlée à l'affaire lorsque Nikki, une de ses amies, est kidnappée par un dealer endetté auprès du propriétaire de l'Emeralds, Samuel Rowe...

Allison, la fille du sénateur David Becker, est kidnappée en pleine rue dans le quartier de Brownsville. Son père affirme au FBI que la jeune fille se sentait traquée. Il s'avère que la personne qui la suivait travaillait pour l'opposition et n'avait qu'un seul but : obtenir un cliché compromettant...

Une mère inquiète retrouve les corps sans vie de sa fille et d'autres adolescents dans une forêt. Tous sont décédés d'une overdose. Le FBI fait analyser la drogue et découvre que le produit est à usage vétérinaire. Pour démanteler le réseau de trafiquants, l'équipe est épaulée par la mafia...

Le docteur Paul Hendrix est enlevé. Peu de temps après, son corps est retrouvé dans un parc. Le FBI s'intéresse aussitôt à Derek Lawson, qui avait menacé le médecin, le tenant pour responsable du décès de son épouse. Mais Lawson a un alibi solide et cette piste est écartée. Un autre meurtre est commis...