Deux androïdes, sont envoyés sur Kepler-22b, une planète loin de la Terre, pour développer des embryons et implanter l'espèce humaine.

Après sa confrontation avec Marcus et le Mithraïque, Mère emmène Tempest, Paul, Hunter, Holly et Vita, cinq de leurs enfants nés sur Terre, vivre dans la colonie. Alors que Père et elle tentent de mettre à l'aise les nouveaux arrivants secoués, Marcus lutte pour survivre seul sur Kepler-22b...

Lorsque les enfants Mithraïques contractent une maladie, Campion soupçonne Mère de les empoisonner et planifie une évasion. Tandis que Mère et Père tentent de prouver leurs bonnes intentions, Marcus et Sue s'efforcent de convaincre les Mithraïques survivants de mobiliser une équipe de sauvetage des enfants...

Déterminé à prouver son utilité au sein de la cellule familiale, Père essaie d'apprendre aux enfants à chasser certaines des créatures mystérieuses de Kepler-22b pour se nourrir. Pendant ce temps, les Mithraïques font une découverte étonnante dans le désert, susceptible d'accomplir une de leurs prophéties...

Sous le commandement de Marcus, les Mithraïques décident de sauver les enfants, mais il leur faut d'abord les localiser. De retour à la colonie, Campion et Paul se rapprochent lors d'une sortie de chasse avec Père. De son côté, Mère tente d'en découvrir plus sur ses origines et sur sa mission...

Après avoir renoué avec son créateur, Mère est distraite par des sentiments intenses qu'elle ne se savait pas capable d'éprouver, laissant la colonie vulnérable. Alors que Campion continue de remettre en question les principes de sa famille, la loyauté des autres enfants est mise à l'épreuve...

Luttant pour maintenir son influence en tant que chef des Mithraïques, Marcus prend des décisions qui dérangent sa famille. La capacité de Mère à le voir tel qu'il est vraiment menace son pouvoir. De son côté, Campion est confronté à un choix qui pourrait avoir des conséquences désastreuses...

Marcus semble perdre peu à peu la raison et effraie Paul et Sue, qui décident de quitter le groupe des survivants mithraïques, accompagnés de Campion, Holly et Vita. Retranchée dans les décombres de l'Arche, Mère tente de réparer les dégâts qu'a subi son organisme en récupérant les fluides d'androïdes abimés. Elle ressent un corps étrangers à l'intérieur du sien...

Mère cherche un endroit où elle pourra mettre son enfant au monde. En chemin, elle retrouve Sue et les enfants et leur annonce la nouvelle. Marcus se lance à leur recherche.

Comme Marcus, Paul affiche un comportement étrange, conduisant à une découverte choquante. Père est en proie à des émotions humaines. Mère, dont la grossesse arrive à son terme, et Père percent un secret au sujet de la planète sur laquelle ils se trouvent, tandis qu'une nouvelle menace vise Kepler-22b...