Alors que la reine Elisabeth fait tout ce qu'elle peut pour saboter le pouvoir de Marie, elle trouve une nouvelle alliée en la personne de Catherine de Médicis. Les deux reines souhaitent révéler au pape l'infidélité de Marie afin qu'elle renonce au trône. Catherine propose même à Elisabeth de se marier avec son fils, Charles, afin d'obtenir le même statut que Marie...

La reine Catherine de Médicis est emprisonnée pour avoir trahi son pays, tandis que la reine Elisabeth, elle, cherche à tout prix comment être exonérée de toute implication. François, très affaibli, décide de révéler à son frère Charles, à Claude et à Sébastien qu'il est en train de mourir...

En visite au château, le roi de Navarre, Antoine, demande un entretien avec François afin qu'il sauve la vie de son frère, Condé, en échange de sa conversion au catholicisme. Une telle décision le priverait alors d'une alliance avec l'Angleterre. Marie accepte le marché à condition qu'il renonce également au trône...

Alors que les Anglais ont pris le contrôle d'une vallée et privent les troupes de provisions, Marie Stuart reçoit un courrier urgent de sa mère, malade, concernant la situation désastreuse en Ecosse. Elle demande de l'aide à François afin qu'il envoie du ravitaillement maritime...

Tandis que François a retrouvé la vie grâce à Delphine, Nostradamus est de retour à la Cour avec une nouvelle prophétie sur le sort de François. Cette fois, l'astrologue et médecin lui prédit une mort inévitable. Sir Nicholas propose, de son côté, à Marie et à François un traité de paix provenant d'Elisabeth...

Après la mort de François, toute la Cour est bouleversée. Marie, toujours en deuil, décide d'aider Catherine dans sa quête pour devenir régente, au risque de fragiliser l'alliance avec l'Ecosse. Mais Lord Grenier, un membre du conseil du Roi, fait tout ce qui est en son pouvoir pour empêcher Catherine de régner...

Alors que Marie doit choisir en qui elle peut avoir confiance, elle demande à Don Carlos de venir en France. Pendant ce temps, Gideon Blackburn, le nouvel ambassadeur d'Angleterre, arrive au royaume et éveille des suspicions concernant ses réelles intentions. Il en profite pour mettre en garde la reine vis-à-vis du prince d'Espagne...

Après l'accident de Don Carlos, Marie conclut un pacte avec le duc d'Albe et accepte de garder le secret sur les prédilections du prince d'Espagne. Pendant ce temps, Catherine est accusée d'avoir empoisonné François pour ainsi devenir régente. Mais Marie pense que Narcisse est responsable de ce complot et décide d'en informer Lola...

Marie émet des doutes sur l'état de santé du prince Don Carlos et demande à Gideon Blackburn de l'aider à découvrir la vérité. Elisabeth, de son côté, découvre qu'elle est enceinte de Robert Dudley. Alors que cette nouvelle pourrait changer le cours de son règne en Angleterre, elle oblige Dudley à prendre une décision difficile. Narcisse, enfin, force Claude à épouser quelqu'un contre son gré...

Sous la coupe de Narcisse, Charles ordonne le mariage de la princesse Claude avec le duc de Boinel. Marie découvre le plan d'Elisabeth, après avoir intercepté des lettres destinées à Gideon et décide de proposer un accord à ce dernier. Greer quant à elle, annonce à Martin qu'elle attend un enfant...

Alors que le couronnement de Charles approche, Marie, doit trouver au plus vite un prétendant puissant avec qui former une alliance pour sauver le trône d'Ecosse. Pendant ce temps en Angleterre, Elisabeth, avec l'aide de Lola, découvre l'identité de celui qui l'a empoisonnée et causé la perte de son enfant...

A la surprise générale, Elisabeth propose que Marie succède à la couronne d'Angleterre, en échange de quoi elle pourra choisir son mari. Le Vatican conjure la reine d'accepter l'offre, en échange de leur appui pour la reconquête de l'Ecosse. Mais si Marie accepte, elle sacrifie la vie de sa cousine...

Sans le vouloir, en tentant de protéger Elizabeth, Marie met la vie de Gideon en danger. Afin de le sauver, elle demande alors de l'aide à l'Anglais Robert Dudley. Plus que jamais, Sébastien est déterminé à retrouver les hommes qui menacent Catherine. Celle-ci est toujours en danger...

Marie ressent de plus en plus le besoin de retourner en Ecosse. Avec l'aide de Sébastien, elle constitue sa propre armée pour sauver son trône. Elisabeth fait appel à Lola pour se venger de Lady Somerset, qu'elle juge responsable de la mort de sa mère...

Après avoir surpris une conversation d'Elisabeth, Lola informe Marie d'un plan pour accoster sans crainte en Ecosse. Les généraux ont été empoisonnés au château pour faire accuser Catherine. Marie doit prendre une décision : partir en Ecosse ou aider Catherine...

Marie et Narcisse, cachés après le naufrage de leur bateau en Ecosse, assistent à la capture de Sébastien par des druides. Marie décide de garder son identité secrète, étant donné le contexte de l'Ecosse. Elisabeth fait la rencontre du Prince du Danemark, avec qui elle correspond depuis quelque temps. Lola va la sauver d'un incident diplomatique...

Marie et Sébastien ont peu de temps devant eux pour récupérer le trône d'Ecosse. La mission consistant à détruire les munitions des cavaliers écarlates a échoué, Charles ayant été trahi par son ami Thierry. Capturé par ses ennemis, Catherine met tout en oeuvre pour retrouver Charles...

Charles échappe aux cavaliers écarlates, aux dépens de Thierry. Le retour de Marie en Ecosse ne fait pas l'unanimité. Narcisse veut ramener Lola en France mais celle-ci préfère se lancer dans une mission risquée...