A Los Angeles, Hondo, un jeune lieutenant, est appelé à remplacer son chef Buck à la tête du SWAT, une unité d'élite. Buck a été suspendu après une bavure dans un quartier défavorisé de la ville. Hondo hésite à accepter le poste, conscient qu'il ne doit cette promotion qu'à la couleur de sa peau...

Hondo et ses coéquipiers du S.W.A.T. se lancent à la poursuite de quatre prisonniers, en cavale dans les rues de Los Angeles. Mais l'équipe de Mumford est également sur l'affaire et réussit à retrouver un des fuyards avant celle de Hondo. Distancée, celle-ci doit revenir dans la course...

En acceptant de rendre service à sa mère qui est derrière les barreaux, Street risque de compromettre son avenir au sein de l'équipe de Hondo. Parallèlement, l'équipe du S.W.A.T. cherche quant à elle le cerveau qui se cache derrière un réseau de trafic de drogue exploitant des immigrés comme mules...

Des attentats à la bombe secouent Los Angeles. Hondo et son équipe retrouvent le responsable, mais il s'est retranché dans une des classes de l'université. Le temps presse. Pour sauver les étudiants pris en otage, Hondo décide d'intervenir comme négociateur...

Des cambrioleurs se faisant passer pour le S.W.A.T. sévissent dans un quartier huppé. Hondo et l'équipe soupçonnent que les familles cambriolées leur cachent quelque chose. Deacon et Luca sont en charge de la protection d'un joueur de hockey professionnel faisant l'objet de nombreuses menaces de mort...

Hondo a des doutes concernant Street. Il charge néanmoins le débutant de se faire passer pour un courtier auprès d'un réseau de vol de voitures de luxe. Hondo va également rendre visite à Raymont Harris, l'adolescent récemment blessé par balle par un ancien membre de l'équipe du S.W.A.T..

Leroy, un ami d'enfance d'Hondo emprisonné, lui demande de protéger son fils Darryl des gangs. Dès lors, le S.W.A.T. se retrouve en contact avec une nouvelle équipe de crime locale. Lorsque le grand-père de Luca, une légende du S.W.A.T., trouve la mort, Luca, en proie au chagrin, est également confronté à un secret familial douloureux...

Hondo et le S.W.A.T. sont contraints de travailler durant leurs vacances de Noël. En effet, un cartel de la drogue qui s'est fait voler des lingots d'or cherche à se venger par tous les moyens. Quant à Jessica, elle attire l'attention de Michael Plank avec ses idées pour améliorer le S.W.A.T...

Lorsqu'une plainte déposée contre Hondo l'oblige à se retirer de l'affaire, Deacon prend la tête de l'équipe. Les policiers doivent retrouver les malfrats qui attaquent les dispensaires de marijuana. Tan remarque une similitude entre les vols actuels et une ancienne enquête dont il était chargé à la LAPD...

L'équipe se rend dans une prison pour une intervention concernant une émeute. Hondo pense que ce soulèvement cache un plan des détenus. Lorsque la femme de Deacon, Annie, passe au quartier général pour célébrer le dixième anniversaire de Deacon au sein de la division SWAT, sa visite prend un tour inattendu...

Hondo fait équipe avec un vieil ami de la DEA dans le cadre d'un groupe de travail. Ensemble, ils sont chargés de démanteler un réseau de trafiquants de drogue, dans le but de démasquer le chef secret d'un réseau de contrebande. De leur côté, Jessica et Michael Plank mettent en application les nouvelles initiatives communautaires...

Hondo et son équipe s'activent pour déjouer un attentat. Jessica s'apprête à proposer ses réformes, mais Hicks la met en garde. Proposer de telles mesures risque de faire d'elle une paria. Street découvre que les membres de l'équipe ont une lettre dans leur casier au cas où il leur arriverait quelque chose...

Michael, le président de la commission, découvre que Hondo et Jessica entretiennent une relation secrète. Parallèlement, Hondo et l'équipe participent à une descente des services de l'immigration pour interpeller un tueur à gages qui sème la terreur dans son quartier. Mais l'opération tourne au fiasco...

Le S.W.A.T. traque un tueur en série qui est parvenu à échapper à la justice en simulant sa mort. Le psychopathe, que Luca a reconnu dans la rue, risque de faire une nouvelle victime. De son côté, Hondo s'inquiète pour Buck Spivey, l'ancien chef de l'unité, qui s'enfonce dans la dépression depuis qu'il a été congédié...

Hondo se retrouve touché sur le plan personnel lorsque l'un de ses indics trouve la mort au cours d'une opération menée conjointement par le FBI et le S.W.A.T. pour mettre la main sur des malfrats qui viennent de commettre un vol. De son côté, Jessica s'inquiète de l'attitude changeante du chef du FBI...

Une jeune héritière est enlevée, et ses ravisseurs exigent une rançon. Hondo et ses hommes sillonnent la ville pour la retrouver. Il doivent agir vite pour éviter qu'elle ne soit blessée. En outre, les membres de l'équipe se demandent si l'annonce du prochain mariage de Mumford n'est pas prématurée...

Hondo et le S.W.A.T. sont chargés d'intervenir dans une affaire de prise d'otages. Un ex-détenu détient une famille en captivité. Parallèlement, Street éprouve une certaine lassitude concernant ses relations, un peu trop compliquées. Aussi accepte-t-il de laisser Chris l'aider à trouver l'âme soeur...

Hondo fait un effort sur lui-même pour discuter avec son père malade. Lui et sa demi-soeur Briana tentent de le convaincre qu'il n'est plus en état de vivre seul. Durant une patrouille du S.W.A.T. en journée, Chris fait équipe avec Mumford, qui a l'intention de lui faire une proposition surprenante...

Jim va devoir prendre une décision importante. Il se demande si sa mère, Karen, devrait ou non habiter avec lui à sa sortie de prison. Hondo et son équipe sont chargés de protéger Irina Zemanova, une célèbre journaliste russe en visite à Los Angeles. La CIA pense en effet qu'elle pourrait être assassinée...

Suite à un meurtre, l'équipe découvre que Hondo surveille en secret Jae Kim, le kidnappeur de son filleul, et qu'il est aidé par une agent spécial, KC Walsh. Celle-ci est emmenée au QG et interrogée comme principale suspecte. Parallèlement, Jim a bien du mal à s'adapter à sa nouvelle vie de maman...

Après une embuscade, Hondo et Deacon sont pourchassés par un gang de mercenaires. Afin de tenter de leur échapper, ils vont devoir appliquer les compétences qu'ils ont acquises durant leur formation au SWAT. Chris essaie d'aider une stagiaire du SWAT, qu'elle soupçonne de ne pas être évaluée correctement...

Hondo et son équipe doivent empêcher un groupe terroriste d'exécuter des attaques à la bombe sur les communautés locales. La relation de Street avec sa mère, récemment libérée, met sa carrière en péril. Quant à Jessica, elle se fait prendre au dépourvu par le président de la commission de police...