Malgré l'opposition de Starfleet et avec l'accord de l'amiral April, Pike risque le tout pour le tout, emmenant l'Enterprise dans une périlleuse mission de sauvetage derrière les lignes ennemies, tandis que l'équipe au sol tente d'échapper à un ennemi mortel...

Trois mois ont passé. Alors que l'équipage de l'Enterprise fait le point sur son passé, son présent et son avenir lors d'une célébration de la Fédération, les festivités sont interrompues par l'apparition d'un invité indésirable aux yeux de Spock, l'archéologue Roger Korby...

Pike et M'Benga se faufilent sur la planète Kenfori, une zone revendiquée par les Klingons, afin de cueillir une fleur rare, seul remède susceptible de sauver Batel. Les deux hommes trouvent la plante et découvrent que celle-ci a transformé un groupe de scientifiques en zombies...

La'An teste un prototype de holodeck, un nouveau simulateur holographique, avec un cas fictif. Elle demande à l'ordinateur de créer une énigme policière qu'elle devra résoudre. L'appareil génère un scénario dont la distribution est celle d'une série de science-fiction populaire dans les années 1960...

Dana Gamble et Beto se joignent à l'expédition archéologique de Chapel et Korby. Ce dernier espère découvrir le secret de l'immortalité dans les ruines d'un bâtiment. Alors que Gamble ramasse une sphère lumineuse, l'objet explose, le blessant grièvement aux yeux. Il est transporté dans l'Enterprise en urgence...

L'U.S.S. Farragut, commandé par James Kirk, est attaqué par un vaisseau pirate. Alors que l'Enterprise vole à son secours, il est également attaqué et capturé. Le vaisseau pirate draine ensuite toute l'énergie de l'Enterprise. L'équipage doit utiliser de vieux téléphones du XXe siècle pour pouvoir communiquer...

Beto réalise un documentaire sur Starfleet alors que l'Entreprise aide la planète Lutani VII dans sa guerre contre sa voisine, Kasar. L'équipage est chargé de transporter un Jikaru, une créature transformée en arme létale, jusqu'au front. Beto se montre étrangement accusateur dans ses questions...

Pike, Chapel, Uhura et La'An sont transformés en Vulcains pour mener une mission à bien. A la fin de l'opération, tous les quatre décident de ne pas reprendre forme humaine. Mais leur nouvelle personnalité pose bien des problèmes au reste de l'équipage...

Erica Ortegas s'écrase sur une lune toxique. Sans aucun moyen de communication, ses chances de survie sont minces. Ses coéquipiers vont-ils la retrouver à temps ?

Lorsqu'une ancienne force maléfique refait surface, Pike doit prendre l'une des décisions les plus difficiles de sa vie pour empêcher le mal de se propager.