Alors que Brainiac s'approche de la mort après avoir tenté d'arrêter Lex Luthor, Supergirl et son équipe font tout leur possible pour le sauver, s'engageant dans une bataille épique avec Gamemnae...

Alors que les enjeux avec Lex sont plus élevés que jamais, Lena doit décider jusqu'où elle est prête à aller pour arrêter son frère. Pendant ce temps, Supergirl et l'équipe sont confrontées à un défi qui ne ressemble à rien de ce qu'elles ont jamais affronté auparavant et cela amène Alex à son point de rupture...

Supergirl a trouvé un nouvel allié. Lena et Lex se battent afin d'obtenir le contrôle de Luthor Corp. Alex et J'onn tentent de comprendre leurs sentiments.

Supergirl trouve une opportunité de s'échapper de la zone fantôme, mais cela s'accompagne de certaines conditions dangereuses. Pendant ce temps, Lena rejoint les Super Friends en mission, mais constate qu'elle n'est pas d'accord avec leur plan d'action contre les Phantoms...

Nia et Brainiac tentent de sauver Supergirl de la Zone Fantôme en voyageant dans le temps jusqu'à la maison de Kara en 2009. Bien que déterminés à rester discrets pour ne pas modifier le futur, leur vaisseau s'écrase à l'arrivée. Par ailleurs, une jeune journaliste nommée Cat Grant s'intéresse à Midvale...

C'est la première fois que la jeune Kara fait l'expérience de la kryptonite. Nia et Brainiac, quant à eux, sont piégés par une invasion extraterrestre. A cause de la jeune Cat Grant, Supergirl risque de ne jamais sortir de la Zone Fantôme...

Tandis qu'ils bravent la Zone Fantôme pour libérer Supergirl, chacun des super héros doit affronter la vision de ce qui l'effraie le plus au monde.

Alors que Supergirl et Zor-El font leur retour à National City, ils sont déterminés à garder la zone fantôme derrière eux et aiment être des super-héros ensemble. Malheureusement, leurs efforts trop zélés se retournent contre eux, créant une toute nouvelle menace pour National City...

Kelly rencontre Joey, un jeune extraterrestre orphelin en souffrance dans sa famille d'accueil car il se préoccupe de son frère Orlando, qui est incarcéré. Kelly et Supergirl enquêtent et révèlent des cas de maltraitance à la prison. Nyxly apparaît dans un des rêves de Nia et lui demande de l'aide…

Supergirl intervient lorsqu'un immeuble prévu pour des logements sociaux risque soudainement d'être vendu à une grande entreprise. Elle recrute Orlando pour l'aider à convaincre les autorités mais les choses tournent mal lorsque Nyxly se présente...

Supergirl et l'équipe doivent empêcher Nyxly de tuer Mxyzptlk, une ancienne connaissance de Supergirl. Ce dernier raconte la sombre histoire de Nyxly sous la forme d'une chanson. Lena, elle, se rend sur les traces de sa mère en Irlande, où elle reçoit un accueil glacial...

Kelly est horrifiée lorsque le bâtiment Ormfell implose, blessant de nombreux membres de la communauté, dont Joey. Cependant, son horreur se transforme rapidement en frustration lorsqu'elle se rend compte que l'hôpital est débordé, que les gens deviennent de plus en plus malades et que personne ne vient l'aider...

Supergirl et l'équipe poursuivent Nyxly pour le contrôle d'un totem magique qui contrôle le courage. Supergirl et Nyxly se battent et obtiennent chacune un morceau du totem, mais apprennent que la première personne à réussir le test du courage prendra le contrôle de l'ensemble...

Pour aider Supergirl à récupérer le deuxième totem de Nyxly, Lena hésite à utiliser ses pouvoirs. William a du mal à écrire un article sur les super-héros qui pourra satisfaire tout le monde. Kelly, quant à elle, apprend que la petite Esme, qui a trouvé une nouvelle maison d'accueil, est en danger…

Supergirl se bat toujours contre Nyxly pour les totems restants. Lorsque cette dernière kidnappe William, Supergirl comprend qu'elle doit donner priorité à la sécurité de National City. Alex, de son côté, doit relever le plus grand défi de sa vie...

La ville est attaquée par un monstre de cauchemar pendant que Kara prépare une interview. Elle se demande alors si elle va pouvoir continuer à être à la fois Kara et Supergirl. Nia, quant à elle, se met en quête du totem des rêves, qui peut vaincre ce monstre. Elle demande l'aide de sa soeur, Maeve…

Lorsque Lex Luthor apparaît aux côtés de Nyxly, Supergirl et son équipe doivent faire face aux conséquences émotionnelles d'affronter leurs deux plus grands ennemis en même temps. Alex fait des plans pour une demande en mariage parfaite à Kelly, mais le travail continue de faire obstacle...

Afin de protéger tout le monde de Lex et Nyxly, Supergirl double les patrouilles, surtout qu'Alex et Kelly vont fêter leur enterrement de vie de célibataire avant leur mariage. De son côté, Brainiac apprend des nouvelles déchirantes. William entre en conflit avec Andrea à cause de sa récente couverture sur Lex...

Après l'enlèvement d'un de leurs proches par Nyxly et Lex, Supergirl et son équipe prennent des mesures drastiques. Un allié inattendu vient les aider.

Supergirl est rejointe par des visages familiers du passé pour vaincre définitivement Lex et Nyxly pendant qu'Alex et Kelly, elles, se préparent pour leur mariage.