Les frères de Raph ne comprennent pas qu'il a besoin de se battre. Malgré leur désaccord, les Tortues vont devoir empêcher Bebop et Rocksteady de détruire la ville.

Le rêve de Raphaël se réalise quand il affronte Rocksteady, Bebop et Mondo dans l'arène secrète de combat des Mutants. Il ignore qu'il est tombé dans un piège.

Avec sa famille et ses amis sous l'emprise de Kitsune, Raph ne veut plus se battre dans l'arène des Mutants. Mais il y sera contraint s'il veut tous les sauver.

Les Mutanimaux pensent que les Tortues ont agressé Ray Fillet. Mais la coupable est une tortue-alligator mutante appelée Tokka. Donnie la prend en filature.

Pour sauver Wingnut des griffes des autres Mutanimaux, Donnie pénètre dans le labo d'un savant fou. En suivant Tokka, la tortue géante, ses frères le retrouvent.

Léo, Mikey et Raph sont enlevés par Jordan Perry, un savant fou, et ses Mutanimaux. Donnie est chargé d'empêcher une invasion de mutants et de sauver Staten Island.

Après avoir sauvé des usagers du métro, Léo se découvre une vocation de super-héros et devient le Ninja de la Nuit. La Fleur s'oppose à lui avec son gang.

Un superméchant menace les chiens de la ville. Ce déséquilibré du nom de Scratch a horreur des canidés. Il exige un face à face avec le Ninja de la Nuit.

Léo le Ninja de la nuit fait sa dernière sortie pour affronter le méchant matou Scratch et ses puces vampires. La bataille finale s'engage.

Personne n'aime Rod, pas même les Tortues. L'ex-stagiaire de Bishop essaye toujours les kidnapper pour leur énergie vitale, mais se fait lui-même enlever.

A la recherche de Rod, Mikey interroge sa soeur Maude et son frère Todd, deux excentriques qui veulent mettre la main sur de l'énergie vitale de Mutant.

Mikey demande des comptes à Rod Senior. Mais l'aide de Rod Junior suffira-t-elle aux Tortues pour vaincre le mutant CroupieMan ?