La saison 2 s'ouvre alors que la poussière retombe encore sur Smallville après l'issue choquante de la confrontation entre Tal-Rho et Superman.

Clark se confie auprès de Lois (ELIZABETH TULLOCH) au sujet de ses visions permanentes et admet que seule une personne est en mesure de l’aider.

Lois s’adresse à son père, le Général Lane, tandis que les visions de Clark s’aggravent au cours d’un débat houleux avec Jonathan et Jordan.

Lois et Chrissy ont pour mission de trouver la sœur de Lois, Lucy (JENNA DEWAN).

La situation vacille au cours du grand jour de Sarah.

Lois et Chrissy infiltrent l'Inverse Society.

Superman supplie le Lt Anderson d'enquêter sur Ally Allston et Lois reçoit des nouvelles vraiment bouleversantes.

Lois, Clark et Natalie remarquent une différence dans le comportement de John Henry et craignent que quelque chose ne tourne vraiment pas rond.

Le départ inattendu de Jordan le jour des élections municipales laisse Sarah secouée.

Superman traverse le portail afin d’appréhender Ally Allston, mais en arrivant de l'autre côté, il découvre que tout sur cette terre est… bizarre.

De retour sur Terre, Jon-El attaque son sosie, Jonathan. Jordan essaie d'intervenir, mais Jon-El semble être plus fort et plus rapide.

Jordan et Jonathan soupçonnent Lois et Clark de leur cacher quelque chose.

Clark et Lois ne sont pas d'accord sur la façon de savoir si Ally Allston est allée dans le Monde inverse. John Henry fait une découverte surprenante et Lois entreprend de traquer Lucy.

Lois, fatiguée, veille au chevet de Superman.

Chrissy a un message pour les habitants de Smallville : non seulement la fusion des planètes est réelle, mais elle se produit déjà.