Lydia, instable et en proie à des hallucinations, disparaît de l'hôpital. Peu après, plusieurs attaques sont recensées. Les loups-garous et les chasseurs se lancent à sa recherche. Derek, devenu Alpha, a mordu Jackson. Mais le corps de ce dernier semble combattre la transformation en cours...

Isaac, suspecté d'avoir assassiné son père, se retrouve en prison un soir de pleine lune. Scott et Derek collaborent pour le libérer avant qu'il ne se transforme...

Derek s'attelle à constituer une meute. Erica fait une mauvaise chute pendant une séance d'escalade et se retrouve à l'hôpital, où Derek propose de la transformer. De retour au lycée, Erica adopte un comportement qui semble suspect à Scott et Stiles. Ils comprennent vite ce qui est arrivé à la jeune femme...

Alors que la créature poursuit ses meurtres, Scott tente de convaincre Allison de l'aider à récupérer un livre rare dans la collection de Gerard pour essayer de l'identifier. Stiles et Derek sont pris au piège dans la piscine par le lézard métamorphe, qui s'en est pris à Erika avant eux...

Depuis qu'il a remarqué son immunité à la toxine, Derek est convaincu que Lydia est la créature changeforme qui sème la panique dans la ville. Il se prépare à la tuer à la première occasion. Scott, Stiles et Jackson ont vent de son projet et s'allient pour la protéger le moment venu. Un combat contre la meute de Derek révèle à tous la véritable identité de la créature...

Derek engage la lutte avec le Kanima. L'arrivée de Chris et Gerard interrompt le combat. La créature tente d'entrer en conversation avec Gerard, ce qui trouble Chris. Au cours d'un autre affrontement, Jackson tombe inconscient et se retrouve enfermé par Stiles...

Scott et Jackson se retrouvent au poste après une bagarre. Jackson se transforme, blesse Matt et Erica et réussit à s'enfuir après avoir laissé un avertissement de son maître. Erica est victime d'un malaise à cause du venin de la créature et Stiles l'emmène rapidement chez Derek pour qu'il la soigne...

Jackson est chargé d'une nouvelle mission par son maître. Stiles et le shérif Stilinski finissent par comprendre qu'un point commun unit toutes les victimes de la créature...

Stiles poursuit ses investigations et constate que les victimes des attaques meurtrières faisaient toutes partie de l'équipe de natation du lycée à l'époque où le père d'Isaac en était l'entraîneur...

Le shérif, Scott, Stiles et Melissa se retrouvent prisonniers de Matt, qui révèle à Scott la cause des meurtres : en 2006, toutes les victimes participaient à une fête chez Isaac. Matt y avait été jeté à l'eau alors qu'il ne savait pas nager et avait manqué de se noyer. Pendant ce temps, Gerard persuade Allison de prendre sa revanche sur Derek, le responsable du suicide de sa mère...

Boyd et Erica quittent Derek, épouvanté par le sort réservé aux loups-garous. Au championnat de lacrosse, Gerard menace de tuer quelqu'un si on ne lui amène pas Derek avant la fin de la rencontre...

Stiles est kidnappé par Gerard, qui détient déjà Boyd et Erica. Chris, qui vient de comprendre que leur véritable ennemi est Gerard, parvient à libérer Boyd et Erica, avant d'aider Scott et Isaac à déposer le corps de Jackson chez Derek...