Alors qu'une nouvelle année scolaire débute, Scott et sa bande doivent faire face à l'arrivée de nouveaux ennemis.

Lydia aide un étudiant qui est sujet à de violents cauchemars. Stiles se méfie d'un nouveau camarade de classe, dont le comportement ne l'inspire pas.

Donovan doit être conduit en prison mais son chemin croise celui de Tracy, incontrôlable tueuse. Scott conduit Tracy chez le médecin mais une queue sort de son dos et paralyse tout le monde. Malia et Kira tentent de mettre un terme à ses agissements...

Parrish raconte ses rêves à Lydia. Stiles pourchasse un fugitif. Liam et Mason sont dans une boîte de nuit, ils croisent Brett et Hayden et rencontrent Lucas qui ne tarde à séduire Mason avant de l'attaquer...

Le groupe se rend à Eichen House pour rencontrer le docteur Valack et l'interroger sur les Médecins de l'Horreur. Sur place, ce dernier demande à Lydia l'enregistrement de son cri de Banshee en échange de conseils. De nouveaux souvenirs font surface dans la mémoire de Malia...

Le shérif Stilinski découvre huit grands trous sur le terrain de crosse, ce qui suggère que les Médecins de l'Horreur ont créé huit nouvelles chimères. Le groupe d'amis commence la lecture du livre du docteur Valack. Peu après, Scott, Stiles et Lydia ont tous des visions traumatisantes...

Scott met au point un piège basé sur les énergies telluriques pour capturer l'un des médecins. Kira tente de reprendre le contrôle sur sa part animale.

Scott et Malia tentent de secourir leurs amis tenus captifs. Deaton découvre l'ancien repaire des médecins et se rend compte qu'il n'est pas venu seul.

Scott se tourne vers Theo qui lui fait des révélations sur Stiles. De leur côté, Stiles et Lydia essayent de couvrir Parrish et de le protéger.

Scott et sa bande doivent affronter leur plus grand ennemi. Theo révèle sa vraie nature et laisse libre cours à sa violence. Hayden est très faible mais Melissa tente de la soigner. Stiles est face à un dilemme...

Malgré leur désaccord, Scott et Stiles font tout leur possible pour découvrir les origines de la maladie qui tue le shérif à petit feu.

Sans l'aide de sa meute, Scott cherche à comprendre les conséquences des actions mortelles des médecins de l'horreur sur Beacon Hills.

Le voyage de Kira et de sa mère prend une tournure dangereuse lorsqu'elles tentent de venir à bout du mal grandissant en Kira. Lydia s'introduit discrètement dans l'asile.

A Eichen House, Lydia apprend à se servir de son pouvoir et découvre que Malia, qui cherche sa mère avec l'aide de Theo, est en danger.

Scott et Stiles ont élaboré un plan pour permettre à Lydia de s'évader d'Eichen House. Theo et les autres chimères se mettent en travers de leur route.

Parrish est le seul à pouvoir retrouver Lydia, toujours retenue par le docteur Valack. Les meutes de Scott et de Theo se viennent mutuellement en aide.

Mason découvre que la Bête risque d'être présente lors du match de lacrosse du lycée. Scott et sa meute, réunie au complet, mettent au point un plan pour l'arrêter.

Gerard raconte à Lydia la légende des origines de la Bête et de celle qui l'a vaincue, la servante du Gévaudan. Au lycée, la Bête continue son massacre.

Accusé d'être la Bête, Mason fuit avec Corey. Les autres membres du groupe s'allient à Theo pour le retrouver. De son côté, Lydia tente de convaincre Parrish de rester.

Gerard Argent est en possession de la lance capable de tuer la Bête. Il lui tend un piège avec l'aide de Parrish. Scott a compris que seule Lydia pouvait sauver Mason. L'affrontement entre Malia et sa mère est inévitable...