Après 50 ans de lutte contre Aku, Jack a sombré dans la folie, et s'aperçoit que son alter ego est son pire ennemi.

Jack devra aller au bout de lui-même lorsque des adversaires inconnus lancent une attaque contre lui.

Gravement blessé, Jack va affronter son destin sous la forme de l'adversaire le plus redoutable qu'il ait connu. Une tueuse vouée au culte d'Aku.

Jack doit faire équipe avec son ennemie mortelle pour réussir à se délivrer d'un gigantesque organisme qui les a engloutis.

Jack doit combattre pour sauver un groupe d'esclaves dont les pouvoirs sont utilisés pour alimenter en énergie un méga robot.

Ashi recherche l'aide de Jack après avoir rencontré toutes les créatures que son héroïsme a sauvé d'Aku, et dont il a amélioré les vies.

Jack et Ashi doivent affronter une série d'épreuves pour que le samouraÎ puisse récupérer son sabre magique.

La relation naissante entre Jack et Ashi prend forme lorsque ceux-ci se retrouvent enfermés dans une prison galactique face au pire des ennemis.

La pire crainte de Jack se réalise lorsqu' affrontant Aku, il apprend la vérité sur Ashi.

C'est le sort de l'univers qui est en jeu. Tous sont là, c'est l'affrontement final, le grand combat entre le bien et le mal.