La saison trois de SUPERMAN & LOIS s'ouvre quelques semaines après la victoire éclatante de Superman sur Ally Allston. Clark et Lois travaillent désormais ensemble à la Gazette de Smallville et profitent de la vie dans une petite ville.

Clark et Chrissy remarquent une fissure dans le jeu de Lois.

Lois et Chrissy suivent une piste dans l'enquête.

La tension monte dans Smallville.

Clark et le général Lane se battent contre les décisions de Lois.

Superman rend une visite surprise à Bruno Mannheim.

Lois et Clark approfondissent leurs recherches sur Bruno Mannheim.

Après avoir appris que Bruno et Peia sont mariés, Clark s'efforce de raviver l'intérêt de Lois pour faire tomber Bruno. Ailleurs, Natalie rencontre les parents de Matteo pour la première fois, avec des conséquences désastreuses.

Superman et John Henry s'opposent sur la façon de traiter.

Lois tente d'interviewer Peia dans l'espoir de découvrir la vérité sur une vieille affaire, et Clark s'efforce de passer du temps avec les garçons.

Clark aide Lois à se préparer à l’opération mais doit laisser les garçons avec elle pour aider John Henry et le général Lane à retrouver les Mannheim.

Après 17 ans, Lex Luthor est libéré de prison.

Les habitants de Smallville se réunissent pour assister à une pluie de météorites. Lex Luthor (guest star Michael Cudlitz de « The Walking Dead ») passe à l'action.