L'équipe accueille une nouvelle recrue, Tiffany Wallace, qui va faire équipe avec Scola. Les policiers traquent les auteurs d'une fusillade commise au siège d'un journal. L'affaire se complique lorsqu'il s'avère que Zayne Wells, l'informateur d'OA, était le chauffeur des auteurs de la tuerie...

Les corps de trois femmes sont retrouvés au fond d'un lac. L'équipe met tout en oeuvre pour retrouver le tueur et l'arrêter au plus vite. Jubal décide de rouvrir le dossier d'une enquête classée car il présente des éléments de similitude avec l'affaire en cours. Il admet qu'à l'époque des premières investigations, il n'avait pas les idées claires en raison de son alcoolisme...

Après l'arrestation d'Antonio Vargas, le chef d'un cartel de drogue mondialement recherché, le quartier général du FBI est menacé. L'équipe est persuadée que les hommes de main de Vargas préparent une attaque pour le libérer. Leurs craintes se confirment lorsque l'agent Elise Taylor est enlevée avant d'être relâchée devant les bureaux du FBI, une bombe attachée au cou...

Une adolescente et sa mère sont abattues dans un restaurant, mais l'équipe du FBI ne pense pas qu'elles étaient visées. Ce qui semble être à première vue un crime de haine raciale, les deux victimes étant mexicaines, se révèle être en réalité la vengeance d'un chef de gang contre un serveur qui courtisait la fiancée du caïd…

Grace, une enfant de 5 ans, est kidnappée alors qu'elle séjournait dans un chalet avec sa famille. L'équipe découvre que Ben, le père de Grace, a séjourné en prison avant de changer de nom à sa libération. A peine âgé de 12 ans, celui-ci avait tué la petite Lucy Parkin, 10 ans. Le FBI s'intéresse alors à la famille de Lucy, et notamment à son frère Ray...

Dans un port, deux agents des douanes sont tués lors du vol d'une cuve d'ammoniaque. Un troisième fonctionnaire, grièvement blessé, a eu le temps de tirer sur un des braqueurs. Maggie et Omar infiltrent un groupe de trafiquants de drogue pour retrouver les auteurs des faits. Nestor propose son aide et montre ainsi une autre facette de sa personnalité à Maggie...

Après le meurtre d'un député à son domicile, le FBI réaliste qu'il a affaire à un tueur en série qui s'en prend à des cibles qui n'ont apparemment aucun lien entre elles. L'équipe se démène pour tenter de découvrir son identité et l'arrêter. Pendant ce temps, la nouvelle agente spéciale Tiffany Wallace vit une expérience incroyable...

Après un attentat à la voiture piégée, l'équipe resserre ses investigations autour de Hassan Ali, un restaurateur, et de ses associés. Le FBI presse un informateur de recueillir des informations, mais celui-ci se montre réticent, malgré la promesse d'obtenir la citoyenneté américaine en échange de son aide...

Addie Ricard, une journaliste politique, est kidnappée sans demande de rançon. L'équipe est chargée de fouiller dans les relations de la jeune femme pour découvrir le mobile de son agresseur. Il s'avère qu'Addie connaît Ethan Shaw, le petit ami d'Isobel et chef de cabinet du sénateur Walter Hoffman...

L'équipe du FBI traque deux cambrioleurs violents qui portent des masques d'animaux et s'attaquent à des bureaux d'encaissement de chèques. Tiffany, Stuart et l'équipe du FBI s'allient avec la police de New York pour tenter de les retrouver. Mais l'enquête prend une tournure inattendue...

Après la mort d'un homme, tué par l'explosion d'un colis piégé envoyé à son domicile, l'équipe tente d'identifier l'expéditeur et d'intercepter son prochain colis mortel. Elle établit un lien avec un certain Mark Frazier. Interrogé, celui-ci évoque un post inquiétant publié par son frère Richard, un jeune homme instable. Maggie, quant à elle, a du mal à faire confiance à sa petite soeur...

Le docteur Nicole Wright est kidnappée à côté de l'hôpital dans lequel elle travaille. Le FBI découvre que Lucas Caldwell, un autre médecin, a été enlevé chez lui par le même kidnappeur. L'auteur des faits, Octavio Diaz, est un ex-soldat mexicain. Son fils de 12 ans a désespérément besoin d'une opération...

Lorsque le PDG d'une grande entreprise est abattu alors qu'il était entouré de manifestants, l'équipe tente de découvrir qui avait le plus à perdre des manipulations de sa compagnie. Alors que les détails financiers de l'affaire sont révélés, on découvre les dessous de l'ancienne carrière à Wall Street de Scola...

L'équipe enquête sur une fusillade qui a fait plusieurs victimes dans un restaurant new-yorkais. La cible était Frank Olsen, le fondateur d'un cabinet d'avocat, qui était en litige avec un de ses salariés qu'il venait de licencier. Par ailleurs, Maggie remarque le comportement étrange d'Elise...

Cinq hommes sont retrouvés morts dans un restaurant branché alors qu'ils jouaient au poker en pleine nuit. Une des victimes est le fils d'Antonio Vargas, le chef du cartel de Durango auquel l'équipe a déjà eu affaire dans le passé. Miguel Rojas, un des lieutenants de Vargas, est arrêté...