L'équipe est mobilisée par une vaste opération d'infiltration. Un malfrat a acquis une bombe d'une gigantesque puissance et tout doit être mis en oeuvre pour empêcher l'explosion de l'engin meurtrier. Le FBI apprend que l'objectif du criminel est une conférence organisée par la Federalist Society...

Le FBI enquête sur une fusillade qui a eu lieu dans la boutique d'un prêteur sur gage. Le propriétaire du magasin et un officier de police ont été tués. Grâce au bornage des téléphones portables au moment de l'assaut, les enquêteurs remontent jusqu'à un suspect. Celui-ci a pris une photo de la voiture du criminel. Il s'avère que le véhicule a été volé...

L'équipe enquête sur un vol meurtrier dans une armurerie au cours duquel deux criminels masqués ont dérobé une importante quantité d'armes et tué le propriétaire du magasin. Grâce à la vidéosurveillance, les agents apprennent que l'un des auteurs des faits est un camarade de classe de Tyler, le fils de Jubal...

En se rendant à son bureau, OA est victime d'un braquage commis par un homme et une femme. Bien qu'il minimise les faits, le FBI ouvre une enquête qui révèle que le couple serait coupable d'une dizaines de vols avec violence. L'unité enquête par ailleurs sur le viol et le meurtre d'une jeune femme...

Frank Leone, un riche comptable, est abattu en plein jour après avoir secrètement témoigné contre El Feo, un baron de la drogue. Lorsqu'un second meurtre est commis et afin de faire avancer l'enquête, Tiffany demande de l'aide à son ami Ralphie. Celui-ci est un ancien officier du NYPD et le cousin d'El Feo...

Luke, le fils de 5 ans de Liza Peters, a été enlevé. Au cours de l'agression, sa nourrice a été tuée. L'équipe s'intéresse à la mère du garçonnet et découvre qu'elle faisait auparavant des affaires en Europe de l'Est mais, questionnée à ce sujet, elle refuse d'en dire plus. Malgré son manque de coopération, le FBI découvre que les kidnappeurs sont des terroristes tchétchènes...

A peine de retour de son congé maladie, Maggie aide l'équipe à enquêter sur un double homicide commis dans un parc. Les deux victimes ont des profils très différents : une étudiante en droit sur le point d'intégrer l'académie du FBI et un trafiquant de drogue menacé par un gang parce qu'il empiétait sur son territoire. Les policiers identifient le tueur, Mateo Diaz...

Lors d'un cambriolage sanglant, deux criminels ont mis la main sur une importante quantité de nitrate d'ammonium, suffisamment pour fabriquer une bombe. Le FBI établit qu'un groupe terroriste ultranationaliste est à l'origine de ce forfait. Maggie est justement en train d'infiltrer le groupuscule...

Trevor Logan, un adolescent, se présente au siège du FBI avec un grand sac contenant une importante quantité de fentanyl. Il demande à être protégé des hommes qui ont tiré sur son père. Celui-ci, hospitalisé, a confié le sac à son fils en lui demandant de le cacher. Nina fait une proposition à Scola, qui hésite à accepter...

Chloe Rogers, une livreuse de pizza, est enlevée dans la rue alors qu'elle travaillait de nuit. Grâce à un échantillon d'ADN, l'équipe découvre que la victime s'appelle en fait Annabelle Collier et qu'elle est portée disparue depuis 18 ans. L'enquête amène Isobel à renouer avec son ancien partenaire, Jake Reed, et à tenter de résoudre un de ses premiers dossiers...

Le FBI se mobilise lorsque Kelly Moran, analyste du JOC, est prise en otage dans une banque. L'opération d'infiltration, que l'équipe a mise en place pour tenter de récupérer une bombe acheminée par un intermédiaire véreux, lui permet de découvrir que l'engin est, d'ores et déjà, tombé entre de mauvaises mains...

Une mystérieuse arme biologique provoque le décès de deux employés de la société de transports publics de la ville de New York. L'équipe doit déterminer qui se cache derrière cette attaque et qui sera la prochaine cible. L'auteur de l'attentat, un collègue des deux victimes, est rapidement identifié, mais est assassiné avant d'avoir pu être interrogé...

L'équipe enquête sur le meurtre de Cole Dixon, un indic dont le corps a été retrouvé devant une usine désaffectée. Pour en apprendre plus sur lui, Maggie reprend contact avec Gwen Carter, un ancien collègue qui était également l'agent référent de Dixon. Les investigations mènent le FBI jusqu'à un ex-chimiste...

Une série de vols à main armée amène les membres de l'équipe du FBI à arrêter un suspect, Tom Hoffman. Celui-ci reconnaît les faits, mais prétend qu'il a agi sous la menace de Mason Simonian auquel il doit plusieurs milliers de dollars. Simonian n'est pas un inconnu pour les forces de l'ordre...

Alors qu'il n'est pas en service, John Reagan, un agent spécialisé dans la protection travaillant pour le Service de sécurité diplomatique, tente d'appréhender un homme, mais est abattu sous le regard médusé des passants. L'enquête du FBI est compliquée par l'obstruction systématique du département d'Etat. Ce meurtre pourrait-il avoir un lien avec le passé professionnel de Reagan en Croatie ?...

La fusillade qui a tué Mia Lopez, un officier pénitentiaire fédéral, mène l'équipe jusqu'à Michael Landry, un ex-Marine qui en veut au monde entier depuis son retour d'Afghanistan. La soeur de Tiffany se tourne vers elle pour lui demander conseil lorsque leur petit frère commence à se montrer violent...

Blessée, Chase est transportée en urgence à l'hôpital. Forrester est chargée de veiller sur elle. De son côté, Jubal est rappelé à New York afin d'aider Scola dans son opération d'infiltration. Ce dernier parvient à obtenir un rendez-vous avec son contact, Andrej Chernin. Mais celui-ci se montre soupçonneux lors de leur entretien et le FBI n'a pas d'autre choix que de l'arrêter...

Le colonel John Sittenfeld, commandant en second d'une base aérienne de la garde nationale, est kidnappé, torturé et forcé de donner les codes d'accès au site. Ses agresseurs dérobent ensuite des missiles antichar. L'équipe doit travailler rapidement pour retrouver les suspects et les armes volées...

Lorsque Vince Duggan, un camionneur, est abattu après un voyage de routine au Canada, tous les signes pointent vers un criminel qui figure sur la liste du FBI des terroristes les plus recherchés. Jubal travaille avec un vieil ami et collègue, le détective Jack Lombardo. OA infiltre un restaurant...

Le corps de Rafael Morales, un trafiquant de drogue qui travaillait comme agent de sécurité dans un bar, l'Emeralds, est découvert dans un parc. Alors que l'enquête débute, la soeur de Maggie revient à New York. Elle se retrouve mêlée à l'affaire lorsque Nikki, une de ses amies, est kidnappée par un dealer endetté auprès du propriétaire de l'Emeralds, Samuel Rowe...

Allison, la fille du sénateur David Becker, est kidnappée en pleine rue dans le quartier de Brownsville. Son père affirme au FBI que la jeune fille se sentait traquée. Il s'avère que la personne qui la suivait travaillait pour l'opposition et n'avait qu'un seul but : obtenir un cliché compromettant...

Une mère inquiète retrouve les corps sans vie de sa fille et d'autres adolescents dans une forêt. Tous sont décédés d'une overdose. Le FBI fait analyser la drogue et découvre que le produit est à usage vétérinaire. Pour démanteler le réseau de trafiquants, l'équipe est épaulée par la mafia...

Le docteur Paul Hendrix est enlevé. Peu de temps après, son corps est retrouvé dans un parc. Le FBI s'intéresse aussitôt à Derek Lawson, qui avait menacé le médecin, le tenant pour responsable du décès de son épouse. Mais Lawson a un alibi solide et cette piste est écartée. Un autre meurtre est commis...