Après avoir assisté à une somptueuse fête sur un yacht, Nicole Wyatt est tuée sur le chemin du retour. Très vite, les agents font le lien avec la disparition d'une adolescente, elle aussi présente sur le bateau la veille. Visiblement, Nicole prostituait des jeunes filles mineures. L'enquête révèle l'implication d'un richissime homme d'affaires…

Maggie, OA et l'équipe mettent tout en oeuvre pour stopper un pirate informatique qui met hors service des équipements de sauvetage dans plusieurs hôpitaux de New York. Le fils de Jubal attend une opération importante dans l'un de ces hôpitaux. Le hacker demande alors au FBI de retrouver un tueur en série...

Des bombes explosent dans plusieurs établissements fédéraux. L'équipe établit rapidement un lien entre ces explosions de bombes artisanales et un club privé de vétérans mécontents, qui se regroupent dans un bar pour se plaindre du traitement que leur réserve le gouvernement depuis leur retour du front.

L'équipe se lance à la poursuite d'un tueur en série qui prend pour cible de jeunes Noirs sans-abris. Isaac Jones, un premier suspect, est appréhendé, mais rapidement mis hors de cause. Peu après sa libération, celui-ci est assassiné par le psychopathe. Tiffany et Scola ont un désaccord sur la façon de mener cette enquête lorsque Terrence, le cousin de Tiffany, attire l'attention de la police...

L'héritière Charlotte Kincade est enlevée à son domicile. Son mari était en déplacement à Newport. Il devient suspect quand le FBI se rend compte qu'il leur a menti et qu'il a, en fait, passé la nuit avec une autre femme. Mais il est vite disculpé. L'équipe se penche alors sur la vie de Charlotte...

L'équipe se met à la recherche d'un mystérieux tireur à vélo qui vise des enquêteurs du même commissariat et de la même unité, dans un contexte d'émeutes contre les violences policières. Tiffany, influencée par son passé dans la police, refuse d'envisager que ses collègues puissent être corrompus. Le FBI ne partage pas son avis...

Une fillette de 5 ans a été enlevée dans sa garderie par un homme masqué. Alors que l'enquête avance, l'équipe comprend que les parents de l'enfant ont une dette envers Ricky Moreno, le chef de la branche locale du gang des Latin Kings. L'homme échappe à Maggie, qui est passée à côté de lui sans le voir...

L'équipe est appelée sur une scène de crime, car on a découvert dans la cave de la victime de quoi fabriquer une gigantesque bombe. Un des voisins a vu une voiture fuir les lieux. Cette piste les mène à Hannah Thompson, qui est en couple depuis peu avec Alberto. Il s'avère que son petit ami est en fait un terroriste vénézuélien nommé Félix Ramos qui l'a menée en bateau pour préparer un attentat...

Rina est grièvement blessée alors qu'elle se rend au travail. En visionnant des images de vidéosurveillance, l'équipe découvre que Rina a été suivie par un homme, rapidement identifié comme étant Castlewood. Arrêté, celui-ci refuse de parler. Mais le FBI découvre qu'il a séjourné dans la même prison que Vargas...

Alors que l'équipe enquête sur une série de braquages de bijouteries dont le dernier s'est soldé par un double meurtre, une piste mène les enquêteurs vers Jamal Carter, un adolescent de 16 ans qui vit en famille d'accueil. Le FBI, qui soupçonne les trois grands frères de Jamal, équipe le garçon d'un micro...

A l'hôpital, les parents de Rina retirent le respirateur artificiel qui la maintenait en vie. Un choc pour l'équipe et notamment pour Isobel, qui la considérait comme un membre de sa famille. Jubal a une conversation tendue avec la mère de Rina. Par ailleurs, l'équipe enquête sur l'enlèvement d'une femme...

Maggie se rend incognito dans un bar pour en apprendre plus sur des clients qui s'y donnent rendez-vous et qui sont soupçonnés d'avoir posé des bombes pour contester l'autorité de l'Etat. Lorsqu'un conseiller municipal est tué dans son bureau par une explosion, l'équipe traque l'homme qui a livré le colis.

Lorsque Kazir, un étudiant musulman, et son petit frère Amir sont assassinés, l'équipe prend contact avec l'imam de l'ancienne mosquée d'OA. Celui-ci leur révèle que le lieu de culte a récemment été victime d'une attaque mais que son signalement auprès de la police n'a pas été pris au sérieux...

Une bombe a explosé dans un immeuble hébergeant des lobbyistes anti-armes alors même qu'une loi restreignant le port d'armes dans la ville doit être soumise au vote. Après cet événement inquiétant, l'équipe tente de découvrir qui en est responsable. Ils décident d'enquêter sur un groupe d'extrémistes pro-armes...

Après l'enlèvement dans un bar et l'assassinat de Violet Kent, l'équipe enquête sur un tueur en série. Celui-ci a commis des meurtres dans quatre villes. Cette affaire semble avoir un lien avec le père d'Isobel, Robert, qui est à la tête d'une chaîne d'hôtels. Des révélations sur leurs relations sont faites...

Un agent de l'immigration a été tué par un sniper au cours d'un match de hockey. Les enquêteurs ne tardent pas à découvrir que le tireur visait en réalité un membre du Congrès qui assistait également au match. L'enquête mène le FBI à un armurier qui donne à Scola et Maggie la liste de ses clients...

John Kraus et Julia Miller, un jeune couple qui rentre de vacances à Cancún, sont retrouvés mort dans un parc. Lorsque l'autopsie révèle que Julia avait avalé des boulettes de cocaïne, l'équipe se lance à la recherche de Benny Gomez, un suspect lié à un trafic de drogue qui aurait servi de chauffeur au couple...

L'équipe découvre que du gaz sarin, une arme chimique mortelle, a été vendu à des terroristes qui comptent s'en servir à New York pour venger leurs familles des frappes américaines en Syrie. Témoin des effets dévastateurs de cette arme à Mossoul, Omar va devoir faire face à l'une de ses plus grandes peurs…

Une femme, animatrice d'une émission matinale, est assassinée à son domicile. L'équipe chargée de l'enquête rassemble un maximum d'éléments afin de retrouver l'auteur de ce crime. Elle réalise que ce dernier ne s'attaque qu'à des femmes influentes. Durant la convalescence de Maggie, l'agent Nina Chase intègre l'équipe. Les choses deviennent délicates pour Scola...

Le meurtre d'un agent de la TSA amène l'équipe à traquer un tueur qui utilise des passeurs de drogue pour déjouer les contrôles de sécurité des aéroports. OA fait face aux séquelles liées à son exposition au gaz sarin ainsi qu'au dixième anniversaire de la mort de son ami militaire tombé en Afghanistan...

Un agent de la lutte antidrogue à la retraite est abattu devant une boulangerie alors qu'il devait témoigner lors d'un procès contre un vaste réseau de trafiquants de drogue. L'équipe cherche à savoir si les affaires passées de la victime ou son emploi actuel de physionomiste pourraient être liés au meurtre. Deux autres témoins sont aussi assassinés...