Une femme, qui vient de se marier, a besoin de soins urgent. Shaun propose qu'elle soit opérée sans attendre. Lim modifie les régles de l'hôpital et annonce que les internes pourront désormais pratiquer des interventions chirurgicales. Morgan et Alex rivalisent dès lors pour s'occuper d'une dame âgée...

Le docteur Andrews vient en aide à un bon samaritain, qui a été blessé après être intervenu pour empêcher une agression sexuelle. De son côté, Lim doit prendre une décision difficile : un jeune patient suspecte en effet le docteur Melendez d'avoir pris une mauvaise décision...

Claire se prépare à effectuer sa première intervention en solo sur une patiente de 14 ans. Elle continue par ailleurs à surveiller sa mère et vide toutes les bouteilles d'alcool de son appartement, sauf une : une bouteille de champagne qu'elle cache au fond d'un placard pour fêter cette première opération...

Un patient adepte des théories du complot émet des doutes sur les compétences de Melendez. De son côté, Claire prend en charge une femme dont l'incapacité à ressentir la douleur lui fait courir de graves danger. De plus, le couple de la patiente est mis en danger par sa pathologie. Par ailleurs, Shaun et Glassman rencontrent tous deux des difficultés dans leurs relations amoureuses...

Audrey Lim autorise Shaun à pratiquer sa première intervention chirurgicale. Le docteur Andrews estime, quant à lui, que le jeune médecin n'est pas encore prêt à opérer. Claire et Morgan sont dubitatives face à un patient : leur diagnostic est en totale contradiction avec tout ce que celui-ci a pu leur raconter...

Au cours de sa première opération chirurgicale en solo, Shaun s'attire l'inimitié d'une infirmière. Neil Melendez, de son côté, est en désaccord avec Audrey Lim au sujet d'une intervention risquée. Quant à Claire, elle adopte un comportement autodestructeur qui ne manque pas d'avoir des conséquences négatives sur son travail...

Une patiente de Melendez, mise dans une chambre d'isolement en raison d'une déficience immunitaire, établit un lien personnel avec Shaun. De leur côté, Browne, Reznick et Andrews prennent en charge un jeune garçon de 12 ans, atteint d'un cancer des yeux, qui va perdre la vue après l'opération...

Shaun et Carly tentent un rapprochement physique. Carly met tout en place pour que l'expérience se passe dans de bonnes conditions, mais Shaun abandonne finalement au premier obstacle. Morgan, à qui on vient de confier sa première opération en solo, se sent de plus en plus handicapée par sa polyarthrite...

Claire continue à multiplier les rencontres d'un soir. L'homme qui a passé la nuit chez elle amené à l'hôpital suite à un accident de voiture. Au bloc, elle lui sauve la vie en empêchant qu'on lui injecte des bêtabloquants car elle sait qu'il a pris de l'ecstasy. Melendez y voit de la perspicacité, mais Park soupçonne autre chose...

Shaun rend visite à son père très gravement malade. Les médecins pensent que ce dernier ne pourrait pas survivre. Cette rencontre donne lieu à des événements imprévus...

Après le décès de son père, Shaun doit affronter les conséquences que son rapprochement avec Lea peuvent avoir sur sa relation avec Carly. Shaun se laisse aller à quelques confidences avec Aaron. Pendant ce temps, en salle d'opération, l'équipe opère un patient qui, de peur de ne pas se réveiller, refuse toute anesthésie...

Les docteurs Audrey Lim, Shaun Murphy et Morgan Reznick se penchent sur la cas d'un coureur de 25 ans, affecté d'un sévère gonflement, mas sa situation ne fait que se déteriorer. Shaun sollicite les conseils de Carly Lever, qui établit un diagnostic. Parallèlement, Alex, Claire et Neil traitent deux patients adolescents, atteints tous deux d'un cancer et qui sortent ensemble...

Shaun et Morgan rencontrent des problèmes avec un patient souffrant d'un cancer en phase terminale. Celui-ci a en effet décidé de vivre ses derniers mois sans plus respecter aucun interdit...

Shaun s'occupe d'un patient célèbre. Il doit faire face à une demande très particulière. Carly redouble d'efforts pour tenter de séparer Shaun de Lea...

Malgré l'avis contraire de tous ses proches, Shaun espère que Carly ne se formalisera pas de son amitié avec Lea. Les médecins prennent en charge un garçon, né avec une malformation de la trachée qui l'empêche de parler. Une procédure médicale expérimentale pourrait aider le jeune patient...

Contre l'avis de ses confrères, Shaun s'entête à vouloir pratiquer une autopsie sur une inconnue. De leur côté, Claire, Morgan et Marcus prennent en charge un étudiant qui souffre de troubles dissociatifs de l'identité...

Un patient, souffrant d'une maladie mystérieuse difficile à diagnostiquer, laisse les médecins perplexes. Shaun et son équipe doivent prendre tous les risques pour tenter de le soigner...

Claire et Shaun prennent en charge un patient souffrant d'une forme rare de nanisme. Pendant ce temps, leurs collègues soignent un homme qui a eu les deux bras arrachés dans un accident...

Melendez et Glassman se rendent au gala de charité organisé par une de leurs anciennes patientes, Marta, dans la brasserie qu'elle vient d'ouvrir. Ils y retrouvent Lea. Mais un tremblement de terre survient. Melendez est blessé par la chute d'une poutre, Glassman n'a rien mais Lea disparaît derrière une porte bloquée...

Les victimes du tremblement de terre qui a secoué San José sont nombreuses et se comptent même parmi le personnel de l'hôpital Saint-Bonaventure. C'est une véritable course contre la montre qui s'engage pour les médecins qui luttent pour sauver les vies et celles de leurs collègues...