A l'approche de la fête de fiançailles de Shaun et Lea, tout leur entourage est de bonne humeur et prêt à s'amuser. A l'hôpital, une jeune mère célibataire apprend que son fils a peut-être développé un cancer, dont les origines se révèlent assez surprenantes. Mateo reçoit une nouvelle qu'il attendait.

Shaun Murphy et l'équipe soignent une femme enceinte dont le bébé à naître est en grand danger. La patiente étant une détenue, sa prise en charge se révèle compliquée par certaines contraintes légales et techniques. L'arrivée de Salen Morrison à la tête de l'hôpital va bouleverser les méthodes de travail.

Shaun et Lea envoient leurs faire-part de mariage. Shaun a préparé une enveloppe pour sa mère mais Lea refuse de l'inviter. Mateo, l'amoureux de Lim, a du mal à obéir à son chef, Andrews. Sélène s'oppose à deux opérations car elles ne sont pas complètement prises en charge par les mutuelles des patients. Lim convainc Glassman d'intervenir, ce qui ne fait qu'empirer les choses...

Shaun demande à Sélène de retirer l'immense affiche sur la façade de l'hôpital où il figure en tant que autiste et chirurgien. Elle lui explique qu'elle la voit comme une source d'inspiration. Une jeune patiente arrive à l'hôpital. Son père, Walt, consacre tout son temps libre à chercher un diagnostic pour sa fille depuis quatre ans...

Les docteurs Park et Murphy prennent en charge un vieil homme d'origine asiatique victime d'une agression raciste. Lea décide d'améliorer les statistiques de satisfaction des patients soignés par Shaun sans le prévenir...

Shaun et Alex se retrouvent dans une impasse alors qu'ils tentent chacun de sauver la vie d'un malade. La vie du patient d'Alex pourrait être sauvée par un don d'organe du patient pris en charge par Shaun, mais le jeune médecin ne se résigne pas à cesser les soins et à laisser son patient mourir...

Alors qu'ils rentrent chez eux, Shaun et Lea sont témoins d'un terrible accident de la route. Ils se portent aussitôt au secours de la victime, une femme enceinte grièvement blessée dont l'état nécessite des soins en urgence. Après que la jeune femme a été transportée à l'hôpital, les médecins décident de déclencher son accouchement...

Maintenant que Shaun a annulé le mariage, il est forcé de se confronter à Lea à propos de leur relation. Pendant ce temps, l'équipe débat de leurs opinions sur la chirurgie plastique et le docteur Audrey Lim espère dénoncer Salen sur la mort d'un bébé, une mort que Salen veut camoufler en accident.

Afin de plaire à Salen, Andrews s'attaque à un cas très médiatisé et confie à Shaun et Allen le soin d'effectuer une intervention chirurgicale risquée pour restaurer la voix d'une célèbre pop star. Quant à Reznick et Park, ils traitent un homme dont le fils de 17 ans, Cody, est confiné à un fauteuil roulant en raison de complications liées au syndrome de Kabuki.

Léa et Glassman persuadent Shaun de revenir sur sa démission et de retourner à l'hôpital, pour préserver la fin de son internat et sa carrière. Shaun accepte de renoncer à prendre part à la résistance contre Sélène. Celle-ci le reprend, à contrecoeur. Pourtant, il finira par démissionner quand même.

Shaun sympathise avec un jeune patient, mais ce lien personnel menace l'objectivité du médecin. De son côté, Morgan fait du bénévolat dans une unité de soin de longue durée. Cette expérience lui fait réaliser qu'elle pourrait aider la clinique du docteur Glassman en mettant en place un service de téléconsultation...

Une femme est conduite aux urgences après un malaise à l'aéroport. Photographe, elle revient d'un voyage professionnel, mais dit ne pas avoir d'assurance pour payer ses soins. Morgan reçoit une patiente avec de graves hémorroïdes et lui annonce qu'elle a besoin d'une opération en urgence.

Un jeune biohacker se livre à des expériences sur son propre corps qui tournent mal et l'envoient à l'hôpital. Morgan, Park, Jordan et Glassman s'occupent d'une jeune femme qui souhaite avoir recours à une opération chirurgicale controversée dans l'espoir de soigner ses douleurs chroniques et sa dépression...

Lors d'un repas réunissant le personnel de l'hôpital, quelqu'un apporte par erreur un plat qui contient des hallucinogènes. L'effet est immédiat : la plupart des médecins se retrouve dans l'incapacité de travailler. Les docteurs Allen, Murphy et Glassman se retrouvent seuls pour prendre en charge les patients...

Alors que le docteur Andrews traite un enfant en famille d'accueil pour des blessures subies dans son foyer, Shaun et son équipe se tournent vers l'expertise de Lea en matière de réparation automobile pour aider Joan, une patiente paralysée dont le poumon de fer s'est brisé. Pendant ce temps, la nièce de la patiente, une documentariste, s'intéresse de très près à Shaun...

Le tournage du reportage de Sophie commence. Chacun des intervenants doit s'adapter à la présence de la caméra, et hésite entre sincérité et mise en scène. Sophie creuse l'histoire de la relation entre Shaun et Léa, provoquant quelques réactions de défense de la part de l'un et de l'autre.

Sophie et Lea passent une journée entre filles pour se détendre et finir les préparatifs du mariage. A l'hôpital, le docteur Lim s'inquiète pour l'infirmière Villanueva. Elle, si consciencieuse d'habitude, a commis un impair qui aurait pu se révéler fatal...

Shaun et Lea prennent une grande décision, qui impactera la suite de leur vie. A leur grande surprise, leurs collègues et amis les soutiennent dans leur choix. De son côté, Asher réalise que son père et lui ne se comprendront sans doute jamais. Cette révélation lui est très douloureuse...