Meredith doit prendre une décision qui aura des conséquences sur sa vie amoureuse. Elle avoue à Cristina qu'elle a eu une liaison avec Derek. Adele a une discussion avec Webber, qui a passé la nuit à l'hôpital. Pendant ce temps, tout le monde s'inquiète pour Izzie, qui s'est enfermée dans la salle de bains...

Cristina fait la connaissance des parents de Burke. Un patient qui s'est empalé sur un arbre mobilise une grande partie de l'équipe. Meredith doit choisir entre Derek et Finn.

Callie réclame une clé de la maison à George. Alex est confronté au cas de Megan, une fillette insensible à la douleur. Burke néglige sa rééducation et espère se faire mettre en disponibilité, au grand dam de Cristina. Izzie a rendez-vous avec Richard pour reprendre son poste après le décès de Denny...

Shawn Sullivan, vendeur de voitures, vient de subir un pontage. Il souhaite rentrer chez lui au plus vite afin de reprendre le travail, mais un accident survient. Addison a du mal à convaincre une de ses patientes que pour sa sécurité et celle de son bébé, elle doit accoucher par césarienne...

Addison décide de révéler à Derek la vérité sur sa relation avec Mark : ce n'était pas qu'une simple aventure mais une relation sérieuse. Burke peut à nouveau opérer, mais craint que ses tremblements ne lui causent des problèmes. De son côté, Bailey doit assumer ses responsabilités dans la mort de Denny...

Izzie est autorisée à revenir à l'hôpital. Richard confie à nouveau à Miranda la responsabilité de la jeune interne. Cristina s'occupe directement du tableau des opérations et continue à protéger Burke. Derek reçoit la visite inopinée d'une de ses soeurs...

Derek et Burke partent camper : ils se retrouvent soudain avec des invités qui n'étaient pas prévus au programme. Meredith assiste le docteur Sloan lors d'une intervention délicate : la réassignation d'un patient transsexuel. Addison et Callie s'occupent d'une femme enceinte qui est tombée dans sa douche...

Le père de George est admis à l'hôpital pour un sérieux problème cardiaque. Décidée à prendre la vie du bon côté, Meredith s'occupe d'une petite fille qui tient plus à sa nounou qu'à ses parents. Enfin, Richard veut tout faire pour sauver son mariage...

Des victimes d'un grave accident de voiture arrivent aux urgences. Cristina lutte contre un sentiment grandissant de culpabilité car elle a caché le tremblement de Burke. Izzie fait la connaissance des parents de George, lequel demande au docteur Erica Hahn, grande rivale de Burke, d'opérer son père...

Tous les médecins de l'hôpital travaillent ensemble pour tenter de séparer deux frères siamois. Cette opération très lourde nécessite une équipe qui comprend pas moins de 19 personnes. Parmi les membres du personnel amenés à intervenir figurent Mark, Miranda et Derek. Ils se montrent très motivés...

Après une opération du cœur réussie, le père de George doit être opéré une seconde fois à cause de son cancer. Thatcher Grey se rend à l'hôpital pour voir sa petite-fille qui vient de naître. Cristina tente par tous les moyens de savoir comment va la main de Burke, mais sans devoir lui adresser la parole...

Heather, une adolescente admise pour de graves problèmes de dos, reçoit une aide de 300 000 dollars de la part d'un donateur, qui souhaite demeurer anonyme. Le père de George lutte toujours pour survivre...

Burke et Cristina refusent toujours de s'adresser la parole. Leur différend n'est pas prêt de s'apaiser lorsque Burke se montre charmant avec Meredith et Derek, mais ne prépare pas de dîner pour Cristina. Cet affront jette la malheureuse oubliée dans une colère noire, mais aussi dans une profonde tristesse...

L'annonce de la démission de Richard ouvre la compétition entre Derek, Burke, Addison et Mark. La mère de Meredith retrouve sa lucidité, tandis que Cristina et Callie réfléchissent aux demandes en mariage qui leur ont été faites. Enfin, une patiente contamine progressivement ceux qui l'entourent...

L'équipe tente de s'occuper de patients agités, tout en gérant une grosse crise après la collision d'un cargo et d'un ferry à Seattle. Le chef doit désigner l'équipe qui ira sur place pour essayer de sauver les vies qui peuvent encore l'être...

Après le drame du ferryboat, tout le monde recherche activement Meredith, tout en réfléchissant à sa place dans le monde. Sur les lieux de l'accident, les médecins soignent un blessé qui porte l'étiquette de Meredith. Izzie prend des mesures désespérées pour sauver une victime coincée sous une voiture...

Bailey, Richard et Burke tentent l'impossible pour ranimer Meredith. Par ailleurs, les employés de l'hôpital subissent encore les retombées de l'accident de ferry.

Alex se rapproche de la patiente inconnue dont il continue à s'occuper. Pendant ce temps, Colin Marlow entre dans la compétition pour le poste de chef du service de chirurgie. George cumule les problèmes relationnels avec Callie et Izzie. Quant à Derek, il doit s'occuper d'une patiente chère à son coeur...

Le père de Callie vient à l'hôpital pour faire la connaissance de George. Callie a demandé à George d'oublier leurs différends le temps de la visite de son père, qui ne rêve que de rencontrer son mari. Elle ne veut pas le peiner. Les entretiens pour la place de chef du service de chirurgie commencent...

Tandis que Colin Marlowe continue à s'interposer entre Cristina et Burke, la fille qu'Izzie avait abandonnée vient lui demander de l'aider. Cependant, l'équipe s'occupe d'un joueur d'échecs professionnel, d'une patiente charmeuse et d'une certaine madame Malone, qui n'a pas revu sa fille depuis longtemps...

Les candidats rivalisent toujours pour obtenir la place de chef de la chirurgie. Le voeu de chasteté de Mark Sloan, alias le docteur Glamour, arrive à sa fin. Plus tard, le directeur de l'hôpital est admis au Seattle Grace en tant que patient. Callie interroge Izzie à propos de sa relation avec George...

On propose un travail hors de Seattle à Addison. Elle envisage dès lors de déménager. De son côté, Burke émet des réserves à propos de son mariage avec Cristina et demande conseil autour de lui. Pendant ce temps, l'équipe s'occupe d'une femme de 40 ans qui souffre d'une forme rare de cancer...

Meredith tente d'améliorer ses relations avec Susan et Thatcher. Cristina doit trouver un arrangement avec sa mère et celle de Burke. Par ailleurs, Meredith essaie de résoudre les problèmes qu'elle rencontre avec Derek...

Alors que Cristina, Izzie et Alex révisent pour leurs examens, George travaille avec Callie. Bailey, soucieuse de la réussite de tous les internes, leur interdit de pratiquer à l'hôpital. De leur côté, les titulaires assurent les gardes et doivent s'occuper de trois alpinistes et d'un patient nommé Dale...

Callie et George prennent une importante décision. Le successeur de Webber est enfin désigné. Un homme dénommé Jeff Pope se présente à l'hôpital. Il cherche sa femme et son enfant nouveau-né. Cristina et Burke voient le jour de leur mariage se rapprocher. Les internes prennent connaissance des résultats de leurs examens...